第一个头衔是“都察院都御史”。他们多数是带“右”字的都御史。因为一般情况下都是左都御史在京主持都察院正常事务，所以“左”字是不能给他们作加衔的。有时是佥都御史，佥都御史则级别低一些，大约是新任者资历浅的缘故。都御史这个职衔虽有点虚，不能参与都察院正常事务，但他可以像其他都御史那样，弹劾惩治他所辖范围内的文武百官。
因为漕运总督是个跨省跨行的官，这个职衔对他来说是非常重要的。简单的说来，就是谁不配合我工作，我就有权力弹劾你，不管你是哪省的官。好吧，类似于今天的跨省追捕，但是权力比跨省追捕厉害多了。要是不挂这个头衔，漕运总督就是空架子。反正你奈何不了我，我鸟你做什么？挂上这个头衔以后，别人就不敢嚣张了！
第二个头衔是“总督漕运”。这是他的核心本职。漕运总督驻节山阳县（今江苏省淮安市），总督天下漕运事务。凡湖广、江西、安徽、浙江、南直隶各省设立粮道，由漕运总督节制，负责征集应征调的漕粮。这些省之粮艘衔尾至淮安，悉经漕运总督查验，方能由运河北上。山东、河南两省的粮船虽不经此地，但亦必须按漕督的统一要求，由其下属官员督查，准时办好漕粮差事。
第三个头衔是“提督军务”。漕运总督和其他各省总督一样，拥有一定的兵权。明代漕运总督统领颍州兵备道、徐州兵备道、淮扬海防道，中都留守司之凤阳等7个卫，洪塘守御所，南直隶之庐州卫、扬州卫、高邮卫、仪征卫、滁州卫、徐州卫、淮安卫、大河卫、邳州卫、沂州卫、泗州卫、寿州卫、宿州卫，海州中守御所等卫所，也都在他的管辖之下。
这些林林总总的卫所，加起来大约有十万人。兵力不可谓不多。尽管卫所制废弛，两三万的兵员，还是有的。所以，漕运总督人称为帅、大帅、漕帅，他设有军门，有中军，左营、右营、城守营。此外，还有大量的漕丁，算是漕运总督的私兵了，主要职责就是负责漕运的安全。
漕运总督所在的淮安城的守卫，不须地方政府如山阳县、淮安府的人员来管，而是由漕运总督署城守营负责，地方官府只是协助而已。有战事还可调动所辖范围内的军队，如扬州营、徐州营等。总的来说，漕运总督的军权，还是相当大的。
有时，朝廷还因需要而扩大其军权，《明世实录》卷21记载，嘉靖元年（1522）12月丙戌，因为山东农民起义，皇帝命令总督漕运都御史俞谏，“不妨原务，与总兵官都督鲁纲，一同提督山东、河南、北直隶等处军务，以便宜节制镇巡等官，设法抚剿，选团营惯战官军三百人，人给银二两，随纲听征。”
第四个头衔是“巡抚凤阳等处地方”。也就是说他兼任一个巡抚，像一个普通巡抚那样管理一块地方。因为在明代凤阳是皇帝的老家，虽然明明开府淮安，却不称淮安而称凤阳。但是，有时人们还是称他为“淮抚”，而不称“凤抚”。“等处”是指淮安府、扬州府、凤阳府、庐州府，和州、滁州、徐州，总称四府三州。
庐州府、和州、滁州在今安徽，庐州府即今之合肥。它包括了长江以北整个淮河中下游地区。虽然辖地与南直隶交叉着，但他仍然要对他所辖范围内的事务负责。明末李自成、张献忠烧了凤阳，漕督杨一鹏就因此掉了脑袋。有战事发生的时候，他的权力，要比南京兵部尚书大得多了。
所以，淮安俨然是一个行省，漕运总督不光是一个专业官员，也是一个方面大吏，而淮安府则是一个准省级城市。漕运总督要像其他督抚那样，总理全省军政事务，包括督理钱粮、操练兵马、修理城池、抚安军民、禁革奸弊等事项。如有战事发生，可以选将调兵，组织备战。对于才能不济或是不听命令的官员，文职五品以下，武职四品以下，都可以参究、拿问乃至以军法从事。至于上书弹劾，致某一下级官员被贬被杀，更是小菜一碟了。
其实，淮安有巡抚在前，有漕运总督在后。在未漕运总督时，淮安就曾有巡抚了。《明史纪事本末》卷24“河漕转运”载：耿九畴，景泰元年（1450）10月由刑部右侍郎任巡抚凤阳。敕曰：“往者命尔巡治盐法，今特命尔兼巡抚凤阳、淮安、扬州、庐州四府，滁、徐、和三州，抚安兵民。”其范围与后来漕运总督所兼巡抚的范围一样。
漕运总督的事务本来就够忙的了，还要巡抚这么大一块地方，经常忙不过来，所以经常单独另设一巡抚。如成化八年分设过，第二年就裁并了，正德十三年又分，十六年又合。嘉靖三十六年因倭寇骚扰，又单设巡抚，以李遂充任。倭寇平息后，四十年又裁并。崇祯十四年又分设，直至明亡。
事实上，漕运总督的权力，还不止如此。它还有一些曾经有过的或者时不时兼任的头衔：如兼管河道。明初刚设漕运总督时，还“兼管河道”，即兼管运河、黄河等河道的治理。后来有了专管河道的总督，就不再兼了，但是遇到河漕有了争执，还是经常由漕督兼管河道。清代也是这样，凡河道总督缺裁时，常由漕运总督兼任。
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